Isaac był grzecznym, choć samotnym dzieckiem. Brak przyjaciół rekompensował sobie bogatą wyobraźnią, skorą do kreowania rzeczy niestworzonych, która raz mogła być dla niego świetną zabawą, innym razem przywołując najgorsze koszmary i lęki. Chłopiec mieszkał z matką, która pomimo swojej matczynej miłości, całymi dniami oglądała programy chrześcijańskie w telewizji.
Pewnego dnia kobieta usłyszała głos z niebios mówiący, że jej mały syn jest skażony grzechem, a ona musi go uchronić od zła. Matka od razu zabrała Isaacowi wszystko, co posiadał, i zamknęła go nagiego w pokoju. Miało to uratować jego duszę, jednakże głos wciąż grzmiał, że to nie wystarczy. Konieczne było złożenie ofiary z małego dziecka, a koniec jego żywota miał być dowodem jej miłości do boga. Kobieta szybko wzięła nóż i poszła do pokoju chłopca wykonać zadanie. Na całe szczęście przerażony Isaac uciekł do piwnicy przez przykrytą dywanem klapę.
Isaac nie znał sposobu jak się bronić przed koszmarami, które na niego czekały. Nagi i bezbronny, posługiwać się mógł jedynie łzami, którymi ciskał z zapłakanych oczu. Pomimo wilgotnych i obskurnych ścian, pierwszy poziom piwnicy był zawsze najłatwiejszy. Isaac z łatwością przedzierał się przez śmierdzące korytarze i bez klucza mógł wejść do pomieszczenia z ulepszeniem, które zazwyczaj go szpeciło, ale dawało również nieco więcej szans na przeżycie. Błąkając się po pomieszczeniach natrafiał na masę odchodów, pająków i robali. Wszystko chciało go pożreć, a jedynymi sprzymierzeńcami były dobre duszki i pupile, które czasem udawało się odnaleźć w zakamarkach piwnicy. Ale najgorsze były inne dzieci – zdeformowane, makabryczne kreatury dające do zrozumienia, że Isaac wcale nie był tu pierwszy. Atakowały zaciekle i trudno się było ich pozbyć.
Isaac nie wiedział, że biorąc porozrzucane tabletki oraz podnosząc przedmioty może powoli zmieniać się w jedno z nich. Był za mały by się tego domyślać. Na dodatek tylko dzięki temu mógł przetrwać. Na całe szczęście, oprócz łez, Isaac mógł również używać bomb. Ich skromna ilość pozwalała raczej dostać się do niedostępnych miejsc, aniżeli pomagać w walce. Isaac miał tylko nadzieję, że wszystko, co można zebrać, pomoże mu w jego podziemnej tułaczce.
Przy odrobinie szczęścia mógł także odnaleźć porozrzucane monety. Te mógł wydać w poukrywanych sklepikach, które prowadził niegdyś inny chłopiec. Niestety obecnie był już siny, a dookoła niego latały muchy. Pozostawiając jego zwłokom nieco grosza, Isaac mógł kupić dodatkowe klucze, bomby, punkty życia i inne dodatki, dzięki którym schodzenie na coraz niższe poziomy nie kończyło się natychmiastową śmiercią.
Za niektórymi drzwiami znajdowało się przejście na niższy poziom, które było chronione przez ogromną makabrę. Czasami była to wielka, rycząca kupa, czasami bliźniacze glizdy, a innym razem skacząca kupa pomarszczonego mięsa. Ale nawet jeśli je pokonał i próbował uciekać coraz niżej, matka i tak na końcu na niego czekała. A gdy mały Isaac ginął, zgnieciony jej wielkim obcasem, wszystko zaczynało się od początku, a piwnica już nigdy nie była taka sama.
Chłopiec odradzał się na samym początku, znów nagi, wyposażony jedynie we własne łzy. Błądził po pomieszczeniach i rozglądał się wielokrotnie, uparcie szukając poznanych już wcześniej korytarzy. Nic nie było takie, jak przed chwilą, tuż przed śmiercią. Rozkład pomieszczeń okazał się być całkowicie inny, a wszelkie dostępne przedmioty oferowały coś zupełnie innego. Mimo wszystko Isaac tylko przez chwilę pozostawał zdezorientowany. Pomimo że musiał zaczynać od zera, zapamiętał przeżycia z ostatniego wcielenia. I to było jego największą bronią.
Zanim jednak dotarł na sam koniec podróży, zginął jeszcze wiele razy. Dopiero setki przebytych pomieszczeń i dziesiątki zebranych ulepszeń pozwoliły na poznanie świata piwnic na tyle, by z dużą dawką szczęścia poznać zakończenie. Ale czy szczęśliwe?
